IDConversion.RdGene ID Conversion.
IDConversion( deres, gene.type = c("ENSEMBL", "ENTREZID", "SYMBOL"), org.db = "org.Mm.eg.db", gene.map = NULL, sort.key = "log2FoldChange" )
| deres | Data frame contains all genes. |
|---|---|
| gene.type | Gene name type. Chosen from ENSEMBL, ENTREZID, SYMBOL. Default: ENSEMBL. |
| org.db | Organism database. Default: org.Mm.eg.db. |
| gene.map | Use data frame instead of |
| sort.key | Column to sort the results. Default: log2FoldChange. |
Data frame contains gene id conversion results.
library(DEbPeak) count.file <- system.file("extdata", "snon_count.txt", package = "DEbPeak") count.matrix <- read.table(file = count.file, header = TRUE, sep = "\t") IDConversion(count.matrix, gene.type = "ENSEMBL", sort.key = NULL)#>#> Warning: 39.95% of input gene IDs are fail to map...#> KO1 KO2 KO3 KO4 KO5 KO6 WT1 WT2 #> ENSMUSG00000000001.4 4556 4218 3835 3718 5741 3875 4115 5074 #> ENSMUSG00000000003.15 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000028.14 350 579 435 316 432 317 245 621 #> ENSMUSG00000000031.16 268 804 66 207 46 66 336 112 #> ENSMUSG00000000037.16 262 157 184 162 301 233 311 176 #> ENSMUSG00000000049.11 0 0 0 0 0 0 1 0 #> ENSMUSG00000000056.7 1121 1220 918 1178 1761 1233 991 1835 #> ENSMUSG00000000058.6 272 132 60 76 200 188 268 120 #> ENSMUSG00000000078.7 715 791 866 787 1005 1054 595 916 #> ENSMUSG00000000085.16 263 615 600 406 380 423 193 622 #> ENSMUSG00000000088.7 1418 2022 1795 1616 2066 1360 1275 2545 #> ENSMUSG00000000093.6 8 13 1 12 12 16 17 27 #> ENSMUSG00000000094.12 2 3 22 0 1 0 1 6 #> ENSMUSG00000000103.12 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000120.6 299 494 532 313 402 312 153 734 #> ENSMUSG00000000125.5 16 39 35 20 44 15 26 29 #> ENSMUSG00000000126.11 19 37 14 14 20 24 4 28 #> ENSMUSG00000000127.14 185 276 272 194 215 159 132 267 #> ENSMUSG00000000131.15 173 342 395 316 235 186 137 492 #> ENSMUSG00000000134.17 193 257 294 140 188 137 102 246 #> ENSMUSG00000000142.15 43 69 70 57 59 62 13 87 #> ENSMUSG00000000148.17 110 170 132 84 174 128 75 199 #> ENSMUSG00000000149.10 1981 2294 1927 1556 2373 1737 1172 3026 #> ENSMUSG00000000154.16 0 2 0 0 5 0 0 0 #> ENSMUSG00000000157.15 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000159.15 3 1 0 4 8 0 6 11 #> ENSMUSG00000000167.14 11 10 10 15 8 11 16 27 #> ENSMUSG00000000168.9 1222 1099 891 916 1468 1105 1125 1405 #> ENSMUSG00000000171.5 2683 2941 2856 2343 3330 2514 2333 3501 #> ENSMUSG00000000182.9 0 0 0 0 0 0 0 1 #> ENSMUSG00000000183.6 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000184.12 6124 7539 7488 5023 6578 6046 4853 8624 #> ENSMUSG00000000194.13 343 485 569 373 519 377 325 586 #> ENSMUSG00000000197.8 196 100 113 116 268 158 225 186 #> ENSMUSG00000000202.9 995 1509 1467 1525 1731 1059 626 2324 #> ENSMUSG00000000204.16 0 0 0 0 0 0 0 2 #> ENSMUSG00000000214.11 0 1 0 2 1 1 0 5 #> ENSMUSG00000000215.11 0 3 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000216.8 1 3 0 2 17 4 0 7 #> ENSMUSG00000000223.13 30 44 34 34 58 34 29 37 #> ENSMUSG00000000244.17 3 10 0 0 0 6 0 0 #> ENSMUSG00000000247.11 15 19 14 9 24 17 10 30 #> ENSMUSG00000000248.16 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000253.13 37 40 37 37 36 53 54 51 #> ENSMUSG00000000263.15 0 0 0 3 1 0 0 0 #> ENSMUSG00000000266.11 221 105 78 134 327 258 277 183 #> ENSMUSG00000000275.16 56 43 24 32 46 41 34 63 #> ENSMUSG00000000276.11 340 157 186 228 480 370 298 402 #> ENSMUSG00000000278.10 198 240 317 184 223 122 155 325 #> ENSMUSG00000000282.12 145 116 111 146 212 179 91 190 #> ENSMUSG00000000290.13 0 14 7 2 13 4 6 9 #> ENSMUSG00000000295.13 877 642 612 548 775 521 828 1055 #> ENSMUSG00000000296.8 509 412 292 424 632 384 450 619 #> ENSMUSG00000000301.16 71 125 61 75 73 64 41 88 #> ENSMUSG00000000303.12 38 69 0 18 0 12 38 9 #> ENSMUSG00000000305.12 281 346 357 263 315 281 171 462 #> ENSMUSG00000000308.14 25 31 36 27 54 23 27 46 #> ENSMUSG00000000317.11 25 36 36 23 33 19 14 51 #> ENSMUSG00000000318.16 8 8 13 13 14 17 33 22 #> ENSMUSG00000000320.10 0 0 0 0 0 3 0 5 #> ENSMUSG00000000325.15 96 171 117 109 158 105 55 224 #> ENSMUSG00000000326.12 308 505 436 394 375 323 272 593 #> ENSMUSG00000000339.14 611 662 512 594 867 558 557 1071 #> ENSMUSG00000000340.10 293 344 356 301 419 291 255 356 #> ENSMUSG00000000346.8 2057 2509 2599 2062 2981 2139 1761 3098 #> ENSMUSG00000000355.13 939 512 469 592 999 848 844 962 #> ENSMUSG00000000359.3 0 15 2 0 0 0 0 4 #> ENSMUSG00000000365.9 5 1 0 6 4 0 9 2 #> ENSMUSG00000000374.8 288 561 378 386 516 325 224 540 #> ENSMUSG00000000378.15 797 757 781 630 1009 748 724 1205 #> ENSMUSG00000000381.10 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000384.15 359 403 321 274 368 304 214 525 #> ENSMUSG00000000385.7 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000386.14 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000392.17 2 4 0 9 4 10 15 7 #> ENSMUSG00000000394.15 0 2 0 0 0 1 0 0 #> ENSMUSG00000000399.10 785 1439 1413 889 1062 726 557 1677 #> ENSMUSG00000000402.2 8 8 0 7 3 10 8 7 #> ENSMUSG00000000409.14 0 7 2 1 8 10 3 2 #> ENSMUSG00000000411.7 0 1 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000416.16 159 107 96 115 156 134 148 81 #> ENSMUSG00000000420.15 965 871 613 611 1161 855 811 1127 #> ENSMUSG00000000435.1 0 0 0 0 1 0 0 0 #> ENSMUSG00000000439.9 385 421 279 369 551 329 338 575 #> ENSMUSG00000000440.12 6 2 0 1 0 1 0 0 #> ENSMUSG00000000441.17 310 489 321 409 415 388 170 842 #> ENSMUSG00000000486.13 90 97 113 93 161 85 93 157 #> ENSMUSG00000000489.6 32 41 15 34 40 20 23 52 #> ENSMUSG00000000530.16 79 58 11 41 48 30 34 126 #> ENSMUSG00000000531.4 24 44 52 31 59 28 24 42 #> ENSMUSG00000000532.10 111 180 183 198 197 126 82 268 #> ENSMUSG00000000538.18 318 263 197 283 452 313 238 423 #> ENSMUSG00000000544.14 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000552.9 72 191 164 61 105 98 37 241 #> ENSMUSG00000000555.7 37 22 19 15 12 8 8 54 #> ENSMUSG00000000560.9 239 142 128 207 360 209 221 222 #> ENSMUSG00000000561.14 1036 841 935 643 1070 916 868 956 #> ENSMUSG00000000562.5 0 2 0 0 0 0 0 2 #> ENSMUSG00000000563.17 10976 7685 6307 9592 15666 9967 9961 12813 #> ENSMUSG00000000567.5 863 762 846 706 1172 992 717 808 #> ENSMUSG00000000568.15 6904 6799 8333 5394 8536 6519 5292 9874 #> ENSMUSG00000000579.14 0 0 0 0 2 0 3 0 #> ENSMUSG00000000581.8 6604 3624 3056 4682 8233 5295 7751 6468 #> ENSMUSG00000000594.7 294 403 242 328 447 402 211 464 #> ENSMUSG00000000600.15 473 423 412 377 542 484 393 479 #> ENSMUSG00000000605.9 3952 3597 3886 3856 6778 4742 3428 5145 #> ENSMUSG00000000606.16 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000617.14 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000627.15 336 507 432 368 580 354 205 619 #> ENSMUSG00000000628.10 123 178 158 91 142 134 61 177 #> ENSMUSG00000000631.20 175 292 224 249 279 214 117 371 #> ENSMUSG00000000632.13 326 457 601 407 613 458 181 668 #> ENSMUSG00000000673.8 0 4 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000682.7 13 16 2 4 6 9 16 12 #> ENSMUSG00000000686.11 5 7 8 5 16 1 6 0 #> ENSMUSG00000000690.5 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000693.10 6 20 2 6 3 4 2 7 #> ENSMUSG00000000701.8 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000706.16 11 6 21 5 7 11 0 17 #> ENSMUSG00000000708.14 282 153 160 257 457 417 333 355 #> ENSMUSG00000000711.3 192 249 203 228 251 184 129 338 #> ENSMUSG00000000724.10 4 0 5 0 8 0 2 1 #> ENSMUSG00000000730.13 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000731.15 0 0 0 0 0 0 0 0 #> ENSMUSG00000000732.9 30 32 62 58 31 39 26 46 #> ENSMUSG00000000738.18 186 409 333 237 303 223 156 589 #> ENSMUSG00000000739.14 3 2 1 7 2 1 0 1 #> ENSMUSG00000000740.12 983 1438 1334 993 1344 937 688 1496 #> ENSMUSG00000000743.9 1802 1696 1216 1735 2604 1425 1223 2641 #> ENSMUSG00000000751.13 2057 2178 2088 1819 2551 1876 1765 2858 #> ENSMUSG00000000753.15 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